Настоящую причину смерти отца Юрий Иванович узнал, когда ему было 24 года. Его отец — Иван Семёнович, капитан дальнего плавания, — был расстрелян в 1938 году в ходе массовых репрессий на флоте
Юрий Иванович родился в 1933 году в Баку в Азербайджанской ССР. Отец — Иван Семёнович — был капитаном дальнего плавания. В юношестве он учился в мореходной школе, к 1917 году поступил матросом на судно. После революции отец Юрия Ивановича продолжил карьеру на флоте, женился, создал семью. Иван Семёнович имел хорошую репутацию среди коллег и был далёк от политики. Осенью 1937 года он был арестован, по статье 58-10 обвинён в причастности к контрреволюционной диверсионной группе. Первое время отец отрицал обвинения, но под давлением со стороны следствия признал вину, и 5 января 1938 года был расстрелян.
Мать Юрия Ивановича была беременна, и после расстрела мужа, чтобы избежать ареста, она была вынуждена уехать из Республики. Спустя некоторое время вместе с новорожденной дочерью она смогла вернуться в Баку и устроиться на работу секретарем в «Азнефть» (Государственная нефтяная компания Азербайджанской Республики). С 1946 года Юрий Иванович работал разносчиком на предприятии вместе с матерью.
В 1947 году мать Юрия Ивановича умерла от туберкулеза. После смерти матери Юрий Иванович окончил ремесленное училище по специальности сварщик. В конце 1950-х годов узнал реальные причины смерти отца. В 1957 году добился его реабилитации.
В 1992 году Юрий Иванович Филиппов основал «Можайскую ассоциацию инвалидов — жертв незаконных политических репрессий», в 2006 году содействовал открытию Музея Репрессий в Можайске. Благодаря активной деятельности Юрия Ивановича в 2014 году в Можайске был установлен памятник жертвам незаконных политических репрессий.